In der Gemeinde sind folgende Schutzgebiete ausgewiesen:

Naturschutzgebiet

- Unteres Recknitztal" (etwa 240 ha)

Landschaftsschutzgebiet

- Recknitztal (etwa 860 ha)

EU-Vogelschutzgebiet

- SPA 4 Trebeltal (etwa 1.300 ha)

- SPA 2 Vorpommersche Waldlandschaft (etwa 1.200 ha)

- SPA 67 Hugolsdorf-Drechow (etwa 190 ha)

FFH-Gebiete

- DE 1941-301 Recknitz- und Trebeltal mit Zuflüssen (etwa 800 ha)

- DE 1743-301 Nordvorpommersche Waldlandschaft (etwa 600 ha)

Die für die Gemeinde Eixen zutreffenden Teilbereiche aus der NATURA-2000-Gebietskolisse entwickeln planungsrechtlich allerdings eine eigenständige naturschutzrechtliche Relevanz, da Zielstellung und Schutzzweck über die Ziele und Zwecke von NSG und LSG hinaus geht (Gellermann & Schreiber, 2007).

Ziel der Schaffung des Netzes NATURA 2000 ist die Errichtung eines kohärenten europäischen Netzes besonderer Schutzgebiete. Dieses Netz umfasst die Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung (FFHGebiete) sowie die Europäischen Vogelschutzgebiete (SPA). Aus diesen genannten Einstufungen in Teilbereichen der Gemeinde können sich planungsrechtliche relevante Einschränkungen, aber zumindest zusätzlicher Untersuchungsbedarf (Erheblichkeits- oder Verträglichkeitsuntersuchungen bei verschiedenen Vorhaben und Projekten) im Rahmen von Genehmigungsverfahren ergeben.

Für den Besucher eines solchen europäischen Schutzgebietes ändert sich im Verhältnis zum NSG oder LSG allerdings nichts, was früher nicht erlaubt war, ist jetzt ebenfalls nicht erlaubt und umgekehrt. Neue Projekte sind von diesem internationalen Recht betroffen.

Geschützte Biotope und Vegetation

Das Landesnaturschutzgesetz definiert anhand der Physiognomie und prägender Vegetationsstrukturen des Standortes geschützte Biotope und Geotope.

Die häufigsten geschützten Biotope im Gemeinderaum sind:

- Naturnahe Feldgehölze und Hecken

- Naturnahe Moore, Sümpfe, Sölle, Röhrichtbestände und Riede, seggen- und binsenreiche Nasswiesen

- Naturnahe Bruchwälder

- Naturnahe und unverbaute Bach- und Flussabschnitte, sowie stehende Kleingewässer mit jeweils anschließender Ufervegetation oder Verlandungsbereichen Insbesondere die Feldgehölze und Feldhecken bilden in einigen Bereichen eine sehr kleinteilige dicht strukturierte Hecken-, Wiesen- und Ackerlandschaft.

So eine Heckenlandschaft stellt äußerst wichtige Lebensräume für zahlreiche Pflanzen und Tierarten dar, außerdem bildet sie ein Verbundsystem zwischen den einzelnen Biotopen. In einer ursprünglichen Landschaft stehen nahezu alle terrestrischen und aquatischen Lebensräume (Biotope) mittels sanfter Übergänge (Ekotone oder Ökotope, im englischsprachigen Raum; (edge effects) miteinander in Verbindung. Diese Übergänge bestehen jeweils aus einer Abstufung ökologisch ähnlicher Strukturen (Heydemann, 1986) und beherbergen deshalb im Verhältnis zur übrigen Kulturlandschaft die meisten Arten nebeneinander (Bönsel, 2005).

Aus diesen Gründen sollen Lücken oder fehlende Strukturen wiederhergestellt werden. Die Ackerbegleitflora ist meistens durch intensive Ackerbaumethoden verarmt. Vor allem in sandigen Bereichen sind "nährstoffarmutliebende" Pflanzen stark gefährdet. Noch bestehende Ackerbegleitflora gilt es deshalb durch gezielte Maßnahmen zu erhalten.